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Genome Biology | 鉴定10000多种高质量的circRNA,北大杨恩策团队为了解复杂性状或疾病的遗传结构奠定基础
2019-08-25 18:39 admin  转载 审核人:   (阅读关注)

环状RNA(circRNA)涉及各种生物过程。 作为基因调控网络中重要的环节,circRNA表达也是桥接遗传变异和表型变化的中间表型。 因此,分析circRNA表达变异将揭示复杂性状和疾病的分子基础。2019年5月20号,北京大学医学部团队在Genome Biology上在线发表了题为Detection of circular RNA expression and related quantitative trait loci in the human dorsolateral prefrontal cortex的研究论文。研究人员利用CMC提供的基因型和背外侧前额皮质(DLPFC)表达数据研究了由遗传,生物和技术因素引起的circRNA表达变异。通过circQTL分析,研究人员对circRNA的顺式调控进行了表征,发现circQTL SNPs在疾病风险基因座中富集。 该研究研究结果将进一步了解复杂性状或疾病的遗传结构。

环状RNA(circRNAs)是一类最近发现的长非编码RNA,具有通过反向剪接形成的共价闭合连续环结构,其既没有5'帽也没有3'多腺苷酸化尾。 已经在人类和其他物种中发现了数以千计的circRNA 。 一些circRNA已经在功能上被阐明,基于组织和发育特异性表达方式,circRNA被认为在多种细胞过程和疾病发病机制中发挥关键作用。 作为基因调控网络的一层,circRNA表达也是桥接遗传变异和表型变化的中间表型。 因此,了解circRNA表达变异将揭示复杂性状和疾病的分子基础。

然而,由于缺乏多腺苷酸化尾部的固有circRNA特征,使用多腺苷酸化选择方法已经低估了circRNA表达。 一些研究已经确定了circRNA并在转录水平上量化了它们的丰度,但是小样本量限制了它们系统地剖析circRNA表达变化的努力。 来自CommonMind Consortium(CMC)的数据提供了破译circRNA表达变异的机会。 CMC包含近600个脑样本,这些样本来自有严重精神疾病和无精神疾病的个体尸检。 从CMC产生的数据包括SNP基因型和基因表达(RNA-seq)以及其他功能基因组数据。 更重要的是,通过核糖体RNA消除制备CMC RNA测序文库,这有助于分析circRNA表达。

对589个人的DLPFC中的circRNA进行分析

在这里,研究人员利用CMC提供的基因型和背外侧前额皮质(DLPFC)表达数据研究了由遗传,生物和技术因素引起的circRNA表达变异。 研究使用严格的方法在样品中检测到10,000多种高质量的circRNA。 然后强调了协变量对circRNA表达变异的影响。 通过circQTL分析,研究人员对circRNA的顺式调控进行了表征,发现circQTL SNPs在疾病风险基因座中富集。 该研究研究结果将进一步了解复杂性状或疾病的遗传结构。

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